創立於明治時代、是目前還殘存著的少人數宿舍制‘自有藝術教育’的傳統學校、時之台學園。
進藤智進入這個學院、是過著普通生活的少年。
但是、智有著一個秘密。
那是從祖母手上繼承的、持有者能夠操控時間的時鐘。
智活用著這個時鐘、快樂並且效率的體驗著校園生活。

在某一時候、智確定了學校存在的七大不可思議事件和時鐘有著聯系。
七大不可思議相對應的七個時鐘―― 如果能得到時鐘的話、也許能夠操控時間使用各種各樣的能力。
感覺有意思的智，每到放學後、就到有著七大不可思議時間發生的地方，某個舊校舍里面開始了探險。

在探險中、智遇到了和他一樣有著時鐘、數屆前就從畢業生那里接受調查，七大不可思議事件的新聞部。
明明只去上學，但是卻每天都能遇到不同的少女們。
和朋友們的探險結局、智他們確定了七大不可思議事件其中一個的正體。
不在過去，不在現在，不在未來，在時間停止的空間里面——一個和服的少女一直沈睡著。
少女有著操控時間的力量，自己把那個力量分成了七份封印在了時鐘里面，然後自己失去了力量。
少女因為智的時鐘之力（時間飛躍），並不在過去，在現代蘇醒了過來，卻無法回到原本的時代了……

知道只要湊齊所有的時鐘，那麽取回本來力量的少女就可以回到原來的時代之後，智他們開始挑戰七大不可思議的謎題了

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