《起源故事》的故事发生在Metagen-92病毒（又名“超级流感”）席卷全球，导致许多成年人获得超能力或变异的二十年后。故事围绕着MC（可自定义姓名）展开。MC是一个看似普通的十九岁少年，在其他宇宙中，他都会受到大多数女孩的追捧和青睐。但在这个宇宙中，他的能力尚未显现。MC被大多数拥有超能力的同龄人排斥，他发现自己在学校的社交阶层中处于一个倒霉的处男地位，身边只有几个格格不入的朋友。

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